MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Borrelia burgdorferi N40 plasmid N40_lp28-4

Total Repeats: 452

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017416	TTA	2	6	5	10	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017416	TAA	2	6	42	47	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017416	AC	3	6	50	55	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
4	NC_017416	AAG	2	6	93	98	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017416	TA	3	6	167	172	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017416	T	8	8	184	191	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017416	T	7	7	196	202	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017416	A	7	7	223	229	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017416	AATC	2	8	239	246	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_017416	ATTC	2	8	254	261	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
11	NC_017416	AAT	2	6	976	981	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017416	TAT	2	6	1003	1008	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017416	A	6	6	1538	1543	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017416	TAG	3	9	1547	1555	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017416	TAC	2	6	1563	1568	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_017416	A	6	6	1624	1629	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017416	T	8	8	1670	1677	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017416	TA	3	6	1684	1689	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017416	A	6	6	2140	2145	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017416	AT	3	6	2193	2198	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017416	TA	3	6	2202	2207	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017416	A	8	8	2207	2214	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017416	A	6	6	2216	2221	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017416	GAA	2	6	2227	2232	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017416	TAT	2	6	2681	2686	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017416	AAT	2	6	2717	2722	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017416	TAA	2	6	2963	2968	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017416	AAGAA	2	10	2969	2978	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017416	ATA	2	6	3002	3007	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017416	AGCC	2	8	3404	3411	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
31	NC_017416	T	6	6	3546	3551	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017416	ATC	2	6	3563	3568	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_017416	TTTAAT	2	12	3598	3609	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017416	A	6	6	3610	3615	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017416	TTAA	2	8	3669	3676	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017416	ATA	2	6	3780	3785	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017416	TA	4	8	3799	3806	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017416	T	8	8	3814	3821	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017416	ATT	2	6	3845	3850	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017416	ACTCTT	2	12	3864	3875	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_017416	ACAA	2	8	3910	3917	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
42	NC_017416	ATT	2	6	3946	3951	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017416	ATA	2	6	3972	3977	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017416	TAA	2	6	3988	3993	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017416	A	6	6	3992	3997	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017416	TTAA	2	8	4835	4842	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017416	T	8	8	4863	4870	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017416	T	6	6	4872	4877	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017416	TCT	2	6	4883	4888	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_017416	TAG	2	6	4912	4917	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017416	TAA	2	6	4977	4982	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017416	TTA	2	6	4983	4988	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017416	TTA	2	6	4996	5001	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017416	TAA	2	6	5033	5038	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017416	TCT	2	6	5041	5046	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_017416	T	7	7	5069	5075	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017416	TTA	2	6	5104	5109	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017416	ATT	2	6	5141	5146	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017416	TAA	2	6	5175	5180	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017416	TAA	2	6	5263	5268	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017416	AAAAG	2	10	5283	5292	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017416	GATT	2	8	5368	5375	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017416	ATTA	2	8	5389	5396	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017416	TCA	2	6	5414	5419	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_017416	GAT	2	6	5453	5458	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017416	AGC	2	6	5486	5491	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_017416	GTA	2	6	5541	5546	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017416	AAT	2	6	5556	5561	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017416	TAA	2	6	5572	5577	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017416	AT	3	6	5580	5585	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017416	A	6	6	5588	5593	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017416	A	6	6	5622	5627	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017416	TGA	2	6	5678	5683	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017416	ATAAAA	2	12	5692	5703	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017416	AAC	2	6	5723	5728	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_017416	TAAAA	2	10	5747	5756	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017416	A	6	6	5753	5758	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017416	TGTT	2	8	5777	5784	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017416	T	6	6	5824	5829	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017416	A	6	6	5858	5863	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017416	AAAT	2	8	5867	5874	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017416	GAA	3	9	5997	6005	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017416	A	6	6	6011	6016	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017416	GGC	2	6	6092	6097	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_017416	A	6	6	6108	6113	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017416	TA	3	6	6132	6137	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017416	TTAAT	2	10	6138	6147	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017416	T	6	6	6147	6152	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017416	AATCAT	2	12	6313	6324	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_017416	TTA	2	6	6333	6338	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017416	A	6	6	6344	6349	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017416	A	6	6	6382	6387	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017416	ATTAAT	2	12	6410	6421	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017416	CCA	2	6	6425	6430	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
95	NC_017416	AAT	2	6	6443	6448	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017416	AT	3	6	6474	6479	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017416	A	6	6	6555	6560	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017416	TAA	2	6	6580	6585	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017416	AGA	2	6	6839	6844	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017416	ATAA	2	8	6855	6862	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017416	TA	3	6	6867	6872	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017416	CATTG	2	10	6888	6897	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_017416	TC	3	6	6922	6927	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_017416	A	6	6	6945	6950	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017416	A	6	6	7006	7011	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017416	TTTAC	2	10	7026	7035	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_017416	A	6	6	7067	7072	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017416	CAAA	2	8	7082	7089	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
109	NC_017416	TA	4	8	7097	7104	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017416	A	6	6	7104	7109	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017416	A	6	6	7160	7165	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017416	T	6	6	7173	7178	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017416	AAT	2	6	7186	7191	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017416	AAT	2	6	7221	7226	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017416	ATA	2	6	7232	7237	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017416	TAT	2	6	7260	7265	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017416	A	6	6	7267	7272	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017416	TTAAA	2	10	7277	7286	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017416	ATTAAA	2	12	7304	7315	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017416	AGA	2	6	7349	7354	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017416	ATT	2	6	7399	7404	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017416	A	6	6	7411	7416	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017416	A	7	7	7438	7444	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017416	A	6	6	7487	7492	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017416	ATT	2	6	7535	7540	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017416	T	6	6	7539	7544	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017416	ATT	2	6	7576	7581	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017416	TGT	2	6	7583	7588	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017416	TAATA	2	10	7597	7606	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017416	TATG	2	8	7661	7668	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017416	TG	3	6	7667	7672	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017416	T	6	6	7673	7678	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017416	ATG	2	6	7706	7711	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017416	AGC	2	6	7716	7721	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_017416	A	7	7	7725	7731	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017416	ATAAA	2	10	7739	7748	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017416	A	6	6	7746	7751	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017416	AT	3	6	7755	7760	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017416	A	6	6	7770	7775	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017416	GATA	2	8	7785	7792	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017416	ACT	2	6	7815	7820	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_017416	ACA	2	6	7853	7858	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_017416	ACA	2	6	7870	7875	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_017416	ATAG	2	8	7899	7906	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017416	T	6	6	7931	7936	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017416	GAT	2	6	7941	7946	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017416	A	6	6	7963	7968	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017416	A	7	7	8066	8072	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017416	TTA	2	6	8342	8347	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017416	TAA	2	6	8391	8396	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017416	A	6	6	8395	8400	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017416	ATT	2	6	8405	8410	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_017416	TAA	2	6	8428	8433	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_017416	AAT	2	6	8450	8455	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_017416	A	6	6	8459	8464	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_017416	ATAA	2	8	8482	8489	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_017416	TAA	2	6	8505	8510	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_017416	ATCA	2	8	8525	8532	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
159	NC_017416	AT	3	6	8536	8541	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_017416	A	6	6	8555	8560	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_017416	ATTT	4	16	8577	8592	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_017416	TTAA	2	8	8596	8603	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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165	NC_017416	ATAA	3	12	8647	8658	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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167	NC_017416	TTA	2	6	10330	10335	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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172	NC_017416	TA	3	6	10499	10504	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_017416	TATC	2	8	10511	10518	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
174	NC_017416	TA	3	6	10526	10531	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
175	NC_017416	ATT	2	6	10586	10591	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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178	NC_017416	CT	3	6	10653	10658	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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186	NC_017416	CAA	2	6	11118	11123	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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192	NC_017416	TTA	2	6	11198	11203	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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196	NC_017416	T	6	6	11304	11309	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
197	NC_017416	TTA	2	6	11320	11325	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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289	NC_017416	ATTGGT	2	12	17050	17061	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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298	NC_017416	TTTA	2	8	18464	18471	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
299	NC_017416	AT	3	6	18486	18491	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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301	NC_017416	CA	3	6	18561	18566	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
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304	NC_017416	ATTT	2	8	18682	18689	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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306	NC_017416	TACT	2	8	18782	18789	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
307	NC_017416	TAA	2	6	18843	18848	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
308	NC_017416	ATTT	2	8	19675	19682	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
309	NC_017416	TTA	2	6	19687	19692	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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311	NC_017416	TAA	2	6	19726	19731	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
312	NC_017416	T	6	6	19739	19744	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
313	NC_017416	T	6	6	19759	19764	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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315	NC_017416	TA	3	6	19776	19781	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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322	NC_017416	TAT	2	6	20051	20056	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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331	NC_017416	TTA	2	6	20238	20243	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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336	NC_017416	T	7	7	21119	21125	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
337	NC_017416	TAT	2	6	21188	21193	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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339	NC_017416	TAA	2	6	21210	21215	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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343	NC_017416	ATTA	2	8	21309	21316	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
344	NC_017416	TAT	2	6	21322	21327	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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432	NC_017416	T	6	6	26956	26961	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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436	NC_017416	AAAT	2	8	27030	27037	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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446	NC_017416	AAT	2	6	27293	27298	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
447	NC_017416	T	6	6	27322	27327	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
448	NC_017416	ATA	2	6	27351	27356	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
449	NC_017416	TGA	2	6	28420	28425	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
450	NC_017416	AC	3	6	28455	28460	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
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452	NC_017416	ATTT	2	8	28492	28499	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.